続・R Valueをまとめる。

前回の記事を書いてから、ふと思った。
”grepでAND検索できたら、1行にまとめられるのでは？”
適当に調べてみたところ、パイプを通すだけでokみたいだった。

そこで、前回のコマンドを変更。

find . -type f ! -path "検索したいフォルダのFull path/"精密化後のpdbファイル名" -print0
| xargs -0 grep " R VALUE "
| grep -v " BIN "
| grep -v " ESU "
| grep -v " \/ccp4\/ " >test.txt

まだ試してないので、週明け実験室へ行って試してみる予定。
また追記します。メモまでに。

R Valueをまとめる。

回折強度データを取り終えたあと、モデル構築、及び構造精密化において、
モデリングソフト(coot、quanta等)と精密化計算ソフト(CNS、refmac5など)を両用して、
行っていく人がほとんどだと思う。
このとき、私はモデリングの各段階ごとにフォルダを作成し、精密化を行っている。
(たとえば、1回目のcootモデリングはcoot1…以下、N回目のcootモデリングはcootNとなる。)

モデリングの際に、気になる値(R　Value等)を控えておけばよいが、忘れることもしばしば。
そこで、Linuxのコマンドを使って、あるフォルダ下のPDBファイルから、

R Value(の行を)抜き出すコマンド群を考えた。

結果を以下に記載する。

参考にしたHPはこちら。



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find . -type f ! -path "検索したいフォルダのFull path/hoge.pdb" -print0 | xargs -0 grep " R VALUE " >test.txt

#各フォルダよりR VALUEの値を拾ってくる。R VALUE後のスペース必須！



grep -v " BIN " test.txt > test1.txt

grep -v " ESU " test1.txt > test2.txt

#要らないところの除去　BIN r valueとかESU r valueとかあるらしいので。



grep "t[0-9]\/refmac後のpdbファイル名" test2.txt > test_1-.txt

grep "t[0-9][0-9]\/refmac後のpdbファイル名" test2.txt > test_10-.txt

#要らないところの除去　coot*/"refine-file.pdb"以外をはじくため。



cat test_1.txt test_10-.txt > r-value.txt

#1-9と10～を統合



#足りないところはtest.txtから随時補う。



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できれば1ラインで書きたいのだけど…。

加えて、汚いｶﾝｼﾞがするんので、改良が必要。