トポロジー図を描く。

今回はタンパク質のトポロジー図を書くためのソフトを紹介。
今回は
・Cygwinがインストールしていること。
・Cygwinをインストールする際にTcl/Tkを入れていること。
の2点が前提となる。
(Cygwinのインストールはこちらを参照。)
Cygwinは起動させて、トポロジー図を描きたいPDBファイルがあるディレクトリにいること。


まずはどの領域がどんな二次構造なのか、把握する。
これはCCP4のProcheckの出力結果を参考にする。
”Residue properties”のページ(出力されるファイルの6つ目に書いてある)で、
真ん中より下に”Secondary structure & estimated accessibility”という欄があるので、
ここに書いてある二次構造を基準とする。

次に、各二次構造間の関係を把握する。
(ex.複数あるβストランドについて、どれとどれが平行、逆平行の関係にあるのか、など)
一番手っ取り早いのはpymolなどでモデルを表示させ、N末端から順番に見ていく。
PCでやりたい人はDSSPというソフトが落ちているので、こちらを入れるとよい。
(gccでコンパイルが必要なので、よく分からない人は使わない方がよいかも。)
入れた後は、こちらのawkスクリプトを用いて、出力結果を整理すると良いかも。
(使い方はリンク先に記述あり。)

最後にトポロジー図を描くソフトを入れる。
入れるといっても、シェルスクリプトなので、ファイルを落としてくるだけ。
こちらのページから”topdraw”のところをクリック。
書かれている内容を別途ファイルに保存(名前を”topdraw.sh”とする。)し、
カレントディレクトリに保存する。
後は保存したファイルに実行権限を付与(chmod +x topdraw.sh)し、
./topdraw
で実行する。
そして、調べた二次構造と二次構造の関係を元にひたすら書くのみ。

意外と簡単かつ楽しく描けるので、ぜひやってみてください。